現代高效生態農業是資源節約型、環境友好型的農業發展模式，以可持續的方式維持著“人類—社會—自然”生態系統中物質和能量的循環與平衡。發展現代高效生態農業不僅是實現農業可持續發展的必由之路，也是在農業領域和廣大農村地區加強生態文明建設的必然選擇。目前，我國發展現代高效生態農業還面臨著一些問題和困境。一方面，我國農業目前面臨的資源環境總體狀況不容樂觀。另一方面，現代高效生態農業不同于傳統生態農業，還需要克服人才和技術儲備不足、規模效益不高和激勵保障措施不完善等諸多困難。因此，要轉變農業發展方式，發展現代高效生態農業，適應生態文明建設對農業發展的要求，必須制訂并實施科學的對策措施。

其一，加大資源環境與生態系統的恢復與保護力度。農業資源環境與生態系統問題主要表現在兩方面：一是耕地和水源等重要農業資源總量的減少，限制了農業發展的空間；二是農業與農村生態環境總體狀況堪憂，降低了農業發展的質量。解決這兩方面的問題不能只從農業部門內部尋找出路，而應以我國總體資源環境與生態系統為對象開展綜合恢復與保護行動，夯實生態農業發展所依賴的基礎。為此，必須采取有力措施，加快資源環境與生態系統的持續改善步伐。

其二，集成創新傳統生態農業技術精髓與現代農業高新技術。現代高效生態農業的核心支撐是科技。要充分認清生態農業發展的技術需求與創新方向，既要注重挖掘傳統生態農業技術精髓，又要創新現代農業技術，并進一步集成創新。傳統生態農業的技術特點是精耕細作，重視資源環境與生態系統的保護，缺點是生產規模小、農業效率低、抵御自然災害能力差。因此，要在挖掘傳統生態農業技術精髓的基礎上，采用現代農業技術彌補其缺陷，使生態農業轉變成現代高效農業。然而，用現代農業技術優化傳統生態農業技術，并不是簡單拿來，而是根據生態農業的不同類型進行集成，屬于一種創新過程，這樣才能使生態農業真正具有現代高效的技術內涵。

其三，以適度規模經營提升生態農業的效益。農業適度規模經營可以促進規范化生產，不斷降低單位生產成本，不斷提高經營主體的效益總量，彌補傳統生態農業的不足。

其四，出臺現代高效生態農業發展扶持政策。與一般農業發展模式相比，現代高效生態農業具有更強的正外部性，但同時也承擔著更大的機會成本。換句話說，發展現代高效生態農業在短期內可能要面臨一些經濟上的損失，比如使用環境友好型的投入品和操作規程會增加生產成本，由于市場機制還不夠完善，其產品的真正價值還無法通過現有的市場體系得以實現。在這種情況下，生產者往往缺少發展這種模式的動力和激勵。彌補的辦法就是實施扶持政策。比如，對維護產地優良生態環境、使用綠色農資、采用生態循環模式給予補貼等。同時，還可以采取推動生態認證等方式方法，使生態產品的價值可以通過市場得以充分實現，從而激勵生態型農業發展模式的推廣。